Tiga wisatawan Amerika mengikuti peta misterius jauh ke dalam hutan Jepang yang mencari kuil kuno. Saat roh menjebak mereka, petualangan mereka dengan cepat menjadi mimpi buruk yang mengerikan.

Gadis-gadis yang memiliki jiwa dari kapal masa lalu, "Fleet Girls", melindungi lautan dari Tentara misterius, Armada Abyssal.Dengan pangkalan angkatan laut dan markas baru, Fleet Girls terus tampil dengan strategi yang baru

Suatu hari ketika bermain di pantai berbatu di bawah rumahnya, Sosuke, bocah lima tahun yang tinggal jauh di atas tebing yang menghadap ke lautan, menemukan seekor ikan mas bernama Ponyo yang kepalanya tersangkut di toples selai. Sosuke menyelamatkannya dan menyimpan Ponyo di dalam ember plastik hijau.